据媒体披露，不久前京东商城某采销人员因私自接受厂家宴请及进行有伤风化行为，并因涉嫌收受供货商过节费、好处费、销售返点，甚至联合供应商恶意抬高京东进货价以获得价差等方式侵占公司款项，目前已被京东商城立案进行专项审计。据知情人士透露，此类事件在京东绝非仅此一例。
分析人士认为，此案不仅仅是采购人员的个人行为，也折射出京东商城商业模式的某些短板——由于京东允许或追求一部分产品以负毛利销售，才导致或助长了采购人员在中关村高买低卖，吃中间回扣等行为。尽管每个B2C网站都难免有采购人员良莠不齐越轨走偏等现象，但京东接连发生类似现象，不能不说与其混乱的采购管理体系和赔本赚吆喝的短视商业策略有关。
众所周知，电子商务相对传统的地面卖场和连锁店，中间成本最低，因此它的毛利率可以相对降低，但这并不意味着毛利率不重要。专家表示：“毛利率永远要比费用率高，这是一个规律，只有这样才有可能提高净利润。”
但自开展网购业务以来，京东商城的毛利率始终与费用率持平，几乎不赚钱，甚至有时销售额与亏损额成正比，对此京东创始人刘强东表示，“京东现在盈利没有什么价值，规模才是第一位的”。但如果B2C公司只是平进平出不赚钱，这种经营状态将难以维系。
为了扩大规模，今年以来，京东悄然增加了日用百货频道，加入了当当、卓越等综合性B2C的大军。卖百货可谓好处多多：利润高，赚钱多;受众面广，人气旺;可以丰富B2C商城的商品种类，向综合性商城转型。不过，就连京东自己都认为，虽然“目前各大B2C商城都在加紧开拓百货类商品，但这个市场其实连起步阶段都谈不上”。 要想转战百货成功，须至少具备两个条件：首先要拥有足够数量和足够粘性的用户群，其次要有足够多的商品品类。在这方面，主营3C产品的京东并不占优势。
数据显示，京东最新的用户注册数字仅为145万人，商品种类仅有不到3万种，这与淘宝、当当、卓越动辄数千万的注册用户数、上百万的商品种类相比，有如小巫见大巫。以如此有限的用户数和商品品类，想要在综合B2C领域立足，其难可知。另外跨界如此之大，对京东来说看上去也是一个“不可能完成的任务”。到京东来的用户大半都是买3C数码产品的，在一家卖3C的网站上挑一条裤子的几率很小。
对于一直亏损的京东来说，虽然3C产品尤其是大宗家电的B2C网购目前看来增势明显，但远远达不到媲美国美、苏宁的程度，其家电实力并没有大到可以威胁上游厂家。细化的领域尚未做强，就急切地包揽整个B2C市场，显然不切实际。其结果，恐怕既在百货方面花费了时间精力，同时又耽误了3C领域的进一步深耕细作，得不偿失。
从供应链的角度而言，百货商品种类繁多，合作对象的数量也多，这对于垂直B2C公司而言，无疑是增加了招商难度和整合资源难度;而从产品运营的角度来看，一个小型垂直类B2C商城只需要上万种商品就可以满足大部分消费者的需求，但百货类B2C商城至少需要10万种以上商品才能满足运营需求，商品数量的增多必然带来工作难度和人员配备的增加。由此看来，要向百货零售领域扩张，京东需要弥补的短板还很多。
