樊文飞教授在Web数据库、XML数据管理、异构数据集成和数据质量等领域开展了深入、系统的研究工作,取得了突出的研究成果,在国际计算机顶级学术刊物和学术会议上发表学术论文60余篇,被他人引用2100余次,单篇最高引用次数达到197次。他的研究成果居于世界领先地位,多次在国际上获奖,是国际公认的优秀专家。他所负责的英国爱丁堡大学信息学院数据库研究组近两年均被公认为欧洲最好的数据库研究组和位居世界前十名的数据库研究组之一。樊文飞教授的一些成果已在美欧工业界得到应用,他领导开发的“XML数据转换,查询和管理的综合系统”目前已被朗讯和欧洲生物中心采用, 并被纳入W3C XML Schema 标准。